O niezaprzeczalnym pięknie Parku Krajobrazowego Mierzeja Wiślana w dużej mierze decyduje bogata flora i szata roślinna. Na obszernej liście taksonów, liczącej już blisko 800 pozycji, stale poszerzanej m.in. dzięki naszym wnikliwym obserwacjom, znajdują się również gatunki rzadkie i zagrożone wyginięciem, a także charakterystyczne dla regionu.
Do najcenniejszych elementów flory należą lnica wonna (Linaria odora) – gatunek ważny dla Wspólnoty Europejskiej, czy np. kostrzewa poleska (Festuca polesica), zimoziół północny (Linnaea borealis) i turzyca loarska (Carex ligerica), znane w Polsce z niewielu stanowisk.
Mierzeja Wiślana znana jest również jako jedno z najważniejszych na południowym wybrzeżu Bałtyku miejsc występowania ściśle chronionego mikołajka nadmorskiego Eryngium maritimum, którego liczna populacja zlokalizowana jest we wschodniej części naszego Parku. Projektowany w tym miejscu rezerwat „Mikołajkowe wydmy” oraz wcześniejsze badania populacji gatunku skłoniły nas do prowadzenia regularnej inwentaryzacji tej pięknej rośliny. Pierwsze badania rozpoczęliśmy w sezonie 2005 i kontynuowaliśmy w latach następnych. Sytuacja mikołajka na pięciokilometrowym odcinku wschodniego skraju Mierzei Wiślanej przedstawia się następująco: 2005 – 386 egz., 2006 – 383 egz. (badania poszerzone o pas graniczny) egz., 2007 – 387 egz., 2009 – 346 egz. Podczas inwentaryzacji przeprowadzonej przez pracowników Parku w dniach 14 i 16.08 2010 r. naliczono 307 egz. Jak się okazało w ciągu 30 lat populacja mikołajka na terenie Mierzei Wiślanej znacznie zmniejszyła swoją liczebność. Podczas badań przeprowadzonych w 1978 r. przez E. Ćwiklińskiego stwierdzono na tym odcinku 1308 osobników. Nadal jednak jest to gatunek licznie tutaj występujący w porównaniu z innymi rejonami polskiego wybrzeża.